Toen Nederland bezet wordt door de Duitsers in mei 1940, was de Siantar in de Indische archipel. Het schip bleef daar en werd ingezet om troepen en materieel voor de geallieerden te vervoeren.

Tijdens de invasie van Ned. Indië door Japan kreeg de Siantar op 27 februari 1942 het bevel de haven van Tjilatjap verlaten richting Australië. Op 3 maart was ze al zo'n 800 mijl ten zuiden van Java. Er dook een Japanse onderzeeër op die haar met boordkanon bestookte. De Siantar had een boordkanon en kon 1 schot terug vuren. Daarna raakte het kanon defect en was de Siantar reddeloos. Het schip raakte in brand en de bakboord sloepen werden verwoest. De bemanning moest het schip verlaten. Het drijvende wrak werd daarna getorpedeerd door de Japanse onderzeeër. 21 opvarenden komen om. De overlevenden werden opgepikt door het K.P.M. schip De Spilbergen en naar Australië gebracht.

• Haersolte, J.W.J. van, (ed.) (1947).
  Scheepsrampen in oorlogstijd, nr. 158.